Viruset upptäcktes hos en tioårig pojke i karantän sedan han och hans familj anlänt via ett repatrieringsflyg, antagligen från Nya Zeeland.
Cooköarna har varit stängt för omvärlden under pandemin, med undantag för en kortvarig resebubbla med Nya Zeeland som pausades när viruset började spridas i nyzeeländska Auckland.