Helikoptern, av typen Black Hawk, hittades på marken mellan städerna Balboa och Argelia i landets västra delar. Sökandet försvårades av komplicerade väderförhållanden, men en grupp utredare har begett sig till platsen, enligt ett uttalande från militären.
Helikoptern var på väg tillbaka till militärbasen José Hilario López i staden Popayán när den försvann från radarn.
Lång kamp mot droggäng
Regeringen har länge kämpat mot beväpnade grupper och droggäng i regionen Cauca, som har blivit ett centrum för kokainleveranser till Centralamerika och USA.
Colombia är världens största kokainproducent och USA är det land som konsumerar mest kokain i världen.