Efter månader av protester har snaran de senaste dagarna dragits åt allt hårdare kring den 64-årige presidenten.
I tisdags röstade kongressen enhälligt för att frånta honom den immunitet som skyddar honom mot åtal.
De senaste veckorna har hundratusentals människor demonstrerat och krävt att presidenten avgår. Protesterna har överskuggat den pågående valrörelsen inför presidentvalet på söndag, där Pérez Molina inte deltar.
Under hård press
Otto Pérez Molina har varit under press sedan en FN-utredning i april slog fast att företag genom ett intrikat upplägg betalat stora mutor för att undvika importtullar.
Successivt har nya uppgifter om skandalen framkommit, och presidenten har pekats ut som direkt inblandad. Vicepresidenten Roxana Baldetti avgick i maj och har precis åtalats.
Exgeneralen har nekat till anklagelserna och har tidigare avvisat alla krav om att avgå innan hans period löper ut i januari.
Men på torsdagen meddelade hans talesperson att Pérez Molina avgår ”för att på egen hand möta de rättsliga processerna.”