Både hon och hennes man har varit föremål för polisutredning efter uppgifter om att han anställt henne som parlamentsassistent, utan att hon utfört något arbete. Han delgavs nyligen misstankar om missbruk av allmänna medel. Han är också föremål för polisutredning som bland annat omfattar misstankar om grovt bedrägeri och förfalskning.

Enligt tidningen Libération har Penelope Fillon ställts inför tre olika brottsrubriceringar, bland annat medhjälp till missbruk av allmänna medel. Hon misstänks också för brott rörande den lön hon påstås ha fått från en kulturtidskrift, ägd av en vän till paret, utan att ha utfört några arbetsuppgifter.

François Fillon har envist nekat till att ha begått något fel och motstått högljudda krav på att ge upp sin kandidatur i presidentvalet som hålls 23 april och 7 maj.