Oppositionsledaren Raila Odinga säger att beslutet inte är någon överraskning.
”Det var ett beslut som fattades under tvång. Vi fördömer inte domstolen, vi sympatiserar med den” säger han i ett uttalande.
Odinga manade till bojkott
Kenyatta fick hela 98,2 procent av rösterna i omvalet i slutet av oktober då rivalen Odinga – som efteråt kallat valet för en bluff – dragit sig ur och uppmanat sina anhängare till valbojkott.
Valdeltagandet var 39 procent, enligt valkommissionen.
Det ursprungliga presidentvalet i augusti ogiltigförklarades av landets högsta domstol på grund av oegentligheter.
Oroligt efter valet
Det beslutet hyllades internationellt som en möjlighet att fördjupa den kenyanska demokratin, och var en av få segrar för Odinga. Men i stället för en förbättrad politisk situation har splittringen i landet förvärrats, och 52 personer har omkommit i oroligheter sedan dess.
Bland annat har fordon bränts och polisen har i helgen skjutit tårgas i slumområdet Mathare, ett känt fäste för Odinga, efter att fyra personer hittats döda på gatan.
Domstolens beslut innebär att Kenyatta kan svära presidenteden igen den 28 november.