Explosionen ska ha orsakats av en bilbomb och skett vid en säkerhetskontroll nära parlamentsbyggnaden.
Det är enligt polisen ännu oklart om självmordsbombaren tog med sig några offer i döden. Chefen för stadens räddningstjänst uppger dock att minst en människa har dödats och en skadats.
Mogadishu är ofta mål för terrorattacker från extremistgruppen al-Shabaab. Gruppen har pressats tillbaka från delar av landet, men utgör fortfarande ett stort hot och utför med jämna mellanrum terrordåd.
I oktober förra året dödades över 500 människor när en lastbil med sprängmedel exploderade i den somaliska huvudstadens centrala delar.