På en presskonferens under onsdagen sade Milanovic, som är mitt uppe i en dispyt med landets premiärminister Andrej Plenkovic, att Kroatien borde följa Turkiets exempel och säga nej till ansökan för att få igenom politiska förändringar.
Mer exakt vill han ändra på vallagarna i grannlandet Bosnien och Hercegovina, för att bosnienkroater lättare ska kunna väljas till ledande positioner.
Turkiets president Recep Tayyip Erdogan har tidigare sagt att han inte kommer att rösta för ett svenskt medlemskap i Nato, och under onsdagen återupprepade han, bland annat, anklagelser om att Sverige skyddar medlemmar av terrorstämplade kurdiska PKK.
Presidentens roll i Kroatien är till stor del ceremoniell och det är parlamentet som har den verkliga makten i frågan. Kroatiens utrikesminister Gordan Grlic Radman twittrade på onsdagen att han välkomnar Sveriges och Finlands Natoansökan.
”De är våra nära partners, vi delar värderingar och deras inträde kommer att bidra till vår militärallians”, skriver han.