Det gäller 13 civilpersoners död vid ett tillslag mot den litauiska självständighetsrörelsen under Sovjettiden 1991.
Allmänne åklagaren väckte åtal mot tidigare funktionärer i det sovjetiska kommunistpartiet, tjänstemän vid försvars- och inrikesministerierna samt säkerhetspolisen KGB.
Åklagarna har dock avvisat krav på att ställa den tidigare Sovjetledaren Michail Gorbatjov inför rätta med hänvisning till brist på bevis.