Estrada ska enligt åklagaren tillsammans med en annan man ha sökt mellan tio och tolv miljoner dollar från mexikanska Sinaloakartellen för att bekosta hans kampanj.
De två männen skulle sedan, om Estrada kom till makten, hjälpa kartellen att smuggla ut narkotika från flygplatsen och hamnar i Guatemala, med hjälp av korrumperade säkerhetsanställda.
Enligt åklagaren fanns också planer på att mörda andra kandidater, och till bevisningen ska finnas både video- och ljudupptagningar från möten.
Alfredo Brito, talesperson för Guatemalas president Jimmy Morales, säger att Estrada kommer att få samma konsulära stöd som alla andra guatemalaner, men att han måste ”tydliggöra sin juridiska situation med tanke på de anklagelser som lagts fram mot honom”.