Det var efter att USS Fitzgerald kolliderat med ett containerfartyg som och tagit in vatten som det stod klart att sju medlemmar i besättningen saknades.
LÄS MER: Jagare kolliderade med containerfartyg
”Efter att ett räddningsteam fått tillgång till de skadade delarna av fartyget så kunde man lokalisera kropparna”, skriver flottan i ett uttalande.
Olyckan inträffade söder om den japanska kusten på lördagen.
Hytter översvämmades
Hytter på krigsfartyget blev svårt skadade vid krocken och tidigare rapporterade BBC:s korrespondent att besättningsmedlemmarna, som nu kan ha hittats döda, kan ha legat och sovit när olyckan inträffade.´
”Vi underrättar familjerna och kommer att ge dem det stöd som de behöver under den svåra tiden”, säger flottan.
Ett intensivt sökarbete efter de försvunna, med både amerikanska och japanska båtar och flygplan som skannade av havet, inleddes efter krocken, utan resultat.
Sydväst om Japans kust
Kropparna hittades i stället ombord på fartyget när den tagit sig i land vid den marina basen i Yokosuka.
Olyckan inträffade drygt tio mil sydväst om Japans kust, vid 14.30 lokal tid. Fronten på containerfartyget ACX Crystal kolliderade med USS Fitzgeralds ena sida och jagaren fick stora skador både ovanför och under vattenlinjen, vilket gjorde att det tog in vatten.
Containerfartyget kunde efter krocken fortsätta mot slutdestinationen Tokyo.