Sköldpaddorna, som smugglats in från Madagaskar, beräknas ha ett värde av nästan 2,5 miljoner kronor.
Det var när tullen efter ett tips undersökte fem misstänkta lådor, märkta som stenar, som upptäckten gjordes.
Reptilerna, av arterna madagaskisk sporrsköldpadda och strålsköldpadda, ska vara vid liv och oskadda, enligt tullen.