Beskedet kommer efter att landets högsta domstol ogiltigförklarat en folkomröstning gällande ett järnvägsbygge värt omkring en miljard euro. Omröstningen som hölls i september hade godkänt planerna, som har varit den sittande vänster-center-regeringens största investeringsprojekt.
Tanken med järnvägsinvesteringen har varit att stärka länken mellan hamnstaden Koper vid kusten mot Adriatiska havet och knytpunkten Divaca, längre norrut nära den italienska gränsen.
Domstolen: Ensidig kampanj
Enligt domstolen hade kampanjen som förespråkade projektet fått större ekonomiskt stöd från regeringen än motståndarsidan, vilket kan ha haft påverkan på utgången. Därför anser domstolen att omröstningen bör göras om.
– Koalitionspartierna har länge försökt underminera en del av våra projekt, sa Cerar på en presskonferens på onsdagskvällen.
Årets val i tidigareläggs
Cerar kommer dock att tillfälligt sitta kvar på posten fram till dess att en ny regering kan bildas.
Slovenien skulle enligt plan hålla parlamentsval i början juni. Dagens besked innebär att valet kommer att hållas ett par veckor tidigare.