Klockan 10 inledde Rajoy mötet i Madrid, bekräftar premiärministerresidenset Moncloa i en tweet.
Vad som avhandlas kommer att presenteras på en presskonferens efteråt, heter det i Twitter-inlägget. Något klockslag för detta anges inte.
Tidigare har det sagts att grundlagens artikel 155 kan tas upp. Åtgärder som kan bli aktuella med åberopande av artikel 155 är att Madrid tar befälet över Kataloniens 16 000 man starka poliskår, Mossos d'Esquadra. Centralregeringen kan också utlysa nyval i Katalonien i januari.
Dessa åtgärder träder i så fall dock inte i kraft förrän de godkänts av senaten, där premiärminister Rajoys parti Partido Popular (PP) har majoritet. Ett senatsbeslut kan väntas i nästa vecka.
Rajoys regering har både kung Felipe VI samt EU bakom sig när det gäller att försöka hindra regionen från att utropa självständighet.
En stor demonstration är planerad att hållas i Barcelona i eftermiddag, med krav på att släppa två separatistledare som greps i måndags.
Kataloniens president Carles Puigdemont anser sig ha rätt att utropa självständighet efter folkomröstningen den 1 oktober.