En militär talesman säger att också rebelledaren Velupillai Prabhakarans 24-årige son Charles Anthony dött.
Från rebellerna, Tamilska Eelams befrielsetigrar (LTTE), finns inga kommentarer till uppgifterna.
Instängda rebellrester
Rebellerna gav upp i går och lade ner sina vapen. Dagen efter var de instängda på ett litet område i nordöstra Sri Lankas djungel.
Regeringsstyrkornas brigadgeneral Udaya Nanayakkara säger att ett antal rebeller fortfarande gör motstånd mot militärens ”rensningsoperationer” i området.
Förutom den politiske ledaren B Nadesan har, enligt försvarsdepartementet, också chefen för fredssekretariatet och ledaren för östra sektionen dödats.
Ledare ska fånga eller dödas
Regeringen har svurit att fånga eller döda alla kvarvarande rebeller och sökte på måndagen koncentrerat efter rebelledaren Prabhakaran.
-Vi har inte funnit honom död eller levande ännu men vi vet vad vi ska göra när vi hittar honom, sade Nanayakkara.
Sri Lankas militär hävdar att Prabhakaran lever men är helt omringad av armén i ett litet djungelområde, rapporterar AFP.
Selvarasa Pathmanathan, chefen för LTTE:s internationella relationer, bekräftar uppgiften.
Hans vädjan om fredsförhandlingar tillbakavisas av regeringen som säger att soldater skickats ut för att ”krossa alla rester av rebellrörelsen och ta tillbaka varenda bit land”.
TT