Demonstrationerna är de största sedan anklagelserna riktades mot premiärministern.
Netanyahu är under utredning i två olika fall. Han misstänks ha tagit emot lyxgåvor från förmögna personer, däribland israeliska affärsmän och Hollywoodproducenten Arnon Milchan, som är nära vän med Netanyahu och som ska ha skickat honom dyra cigarrer för tiotusentals dollar.
Den andra utredningen handlar om att premiärministern ska ha planerat att ingå ett avtal med chefredaktören för tidningen Yediot Aharonot om att få positiv bevakning, mot att Netanyahu skulle motarbeta tidningens huvudkonkurrent.
Nekar till allt
Netanyahu nekar till alla anklagelser och säger att han är utsatt för en politisk kampanj.
Anledningen till helgens stora protester är ett utkast till en ny lag som förväntas godkännas av parlamentet nästa vecka, vilket skulle hindra polisen från att offentliggöra material från utredningen av premiärministern.
Kritiker säger att lagförslaget är ett uppenbart försök att skydda Netanyahu och mörka hans förehavanden medan anhängare säger att lagen är till för att skydda misstänkta.