– Det finns utmaningar i genomförandet, det är sant, sade hon på en gemensam presskonferens med utrikesminister Mohammad Javar Zarif.
Avtalet mellan Iran och de sex stormakterna trädde i kraft i januari och innebär att de internationella sanktionerna mot Iran hävs i utbyte mot begränsningar i landets kärnenergiprogram.
Men Iran har sedan januari bland annat klagat på att USA skrämmer europeiska banker från att investera i Iran.
– Det är nödvändigt att den andra sidans delaktighet, särskilt USA:s, omsätts i praktiken och inte bara på papperet. Vi varnade USA och vi kommer att sätta press på dem för att bana väg för samarbete mellan icke amerikanska banker och den islamiska republiken Iran, sade Zarif.
Enligt Mogherini är genomförandet en pågående utmaning och hon sade att instruktioner utfärdats av EU om hur affärer kan göras med Iran.
– Vi gör allt vi kan för att försäkra vårt finansiella system och banksystem att all ny information om det nya systemet tillhandahålls.
Hon pekade också på de robottester som den iranska elitstyrkan revolutionsgardet genomfört.
– Vi ser det som ett oroande steg.