Protesten är mot regeringens beslut att slopa skatteavdrag för bönder för att därmed kunna uppfylla reformkrav från det konkursmässiga landets långivare.
Reformkraven, som syftar till att dra ned Greklands budgetunderskott och avreglera den krisdrabbade ekonomin, ingår som villkor för nödlån i det tredje stödprogrammet till landet sedan 2010.
Apelsiner och knallskott
Tusentals bönder deltog i manifestationen på Syntagmatorget i centrala Aten. Små grupper bland deltagarna var beväpnade med apelsiner, brandbomber och knallskott som kastades på kravallpolisen.
Greklands koalitionsregering, med vänsterledaren Alexis Tsipras som premiärminister, har tidigare i veckan gjort upp med långivarna om utestående reformkrav. Bland annat föreslås nu för parlamentet i Aten höjd skatt på spel och dobbel.
Parlament, där regeringen har en bräcklig majoritet, ska på torsdagen godkänna de sista av de lagändringar som krävs för att uppfylla kraven.
Om det blir godkänt i Aten väntas eurozonens finansministrar ge klartecken för en försenad delutbetalning av nödlån på två miljarder euro.