Pojken greps i fredags men frigavs sedan han nekat till inblandning. På tisdagen greps han igen sedan polisen säkrat bevis i hans hem och genom hans telefon, enligt en källa inom polisen. Han misstänks ha deltagit i planeringen av dådet.
Sjuttonåringen gick i samma klass som gärningsmännen. Han kan hållas frihetsberövad i högst 45 dagar utan att åtalas för brott.
Skolskjutningar är ovanliga i Brasilien trots att landet tillhör de mest våldsamma länderna i världen. Den senaste större skolskjutningen inträffade 2011, då tolv barn sköts ihjäl av en före detta elev på en skola i Rio de Janeiro.