Tre misstänkta greps i samband med upptäckten, uppgav myndigheterna på torsdagen.
Tunneln var 220 meter lång och knappt två meter hög. Den låg på 17 meters djup och var försedd med både ljus och ventilation.
Under de senaste tio åren har myndigheterna hittat 89 tunnlar vid gränsen mellan Mexiko och USA. I onsdags hittade polisen en halvfärdig tunnel som utgick från Tijuana.