Enligt tidningen inträffade händelsen på tisdagsmorgonen vid ett center för ismailiter, en gren inom shiaislam.
Kvinnorna som dödades ska ha varit anställda vid centret. Det finns uppgifter om att flera andra skadats men i nuläget har polisen inte gått ut med fler detaljer om detta.
Enligt uppgifter hade gärningsmannen på sig en stor kniv. När polisen kom till platsen ska han ha närmat sig dem och därefter blivit skjuten.
Inga tidigare uppgifter om våld
Portugals inrikesminister, José Luis Carneiro, säger att den misstänkte är en ung flykting som lämnats ensam med sina tre barn efter att hans fru dog i ett flyktingläger i Grekland, skriver AP.
Enligt uppgifter till inrikesministern är han en lugn person och myndigheterna har inga tidigare uppgifter om att han har varit våldsam. I den ismailitiska gemenskapen ska mannen bland annat ha fått hjälpt med språket, mat och barnomsorg.
Portugals premiärminister António Costa säger att det är för tidigt att uttala sig om ett eventuellt motiv.
”Jag vill uttrycka min solidaritet och mina kondoleanser till Ismaili-gemenskapen och familjerna till offren för morgonens attack mot Ismaili-centret i Lissabon”, skriver Costa i ett twitterinlägg.