Robotar kan komma att skjutas upp, vilket skulle kunna störa navigationsutrustning, skriver Eurocontrol på sin sajt.
Myndigheten har inte uppgett varifrån uppgifterna kommer, men hänvisar till ett dokument från den europeiska flygsäkerhetsorganisationen EASA. Vad som står i det dokumentet är inte känt.
Flygkontrollmyndigheter i USA, Storbritannien, Frankrike och Tyskland har tidigare utfärdat varningar om att flyga över Syrien. Eurocontrols varning gäller över ett större område, inte bara i syriskt luftrum.
”Kraftfullt svar”
Flera länder, däribland USA och Frankrike, har den senaste tiden uttryckt mer eller mindre öppna hot om att agera militärt mot president Bashar al-Assads regim efter en misstänkt kemvapenattack i Douma i helgen.
Den amerikanske presidenten Donald Trump har sagt att USA kommer med ”ett kraftfullt svar”.
Samtidigt rapporterar flera medier att den amerikanska flottans jagare, USS Donald Cook, som uppges vara beväpnad med 60 kryssningsrobotar, har positionerat sig utanför Syriens kust. Det efter att ha lämnat en hamn i Cypern under måndagen.
Enligt ett uttalande från Pentagon till CNN Turk var förflyttningen planerad i förväg.
Förhandlingar i FN
Natten till onsdagen rök Ryssland och USA ihop när FN:s säkerhetsråd misslyckades med att rösta igenom en resolution om krigets Syrien. Rådet sade nej till tre förslag, ett från USA och två från Ryssland.
– Den här dagen kommer att kommas ihåg som den då Ryssland valde att skydda ett monster framför det syriska folket, sade USA:s FN-ambassadör Nikki Haley.
Alla förslag innehöll en utredning kring användningen av misstänkta kemiska vapen. Ryssland lade, som väntat, in sitt veto mot USA:s förslag.
Den ryske FN-ambassadören Vassilij Nebenzia bedömde att USA:s beslut att ta fram ett resolutionsförslag handlade om att lägga en grund för anfall mot den syriska regimen.
-Jag vädjar än en gång till er att avstå från planerna som ni håller på att arbeta fram för Syrien, sade han, efter att rådet röstat nej till det tredje resolutionsförslaget.
De ryska förslagen fick sex respektive fem röster, och det amerikanska fick tolv. Rådet har 15 medlemmar.