De båda japanerna togs av fartyget förra veckan och avled på sjukhus. Mannen hade tidigare haft problem med bronkialastma och behandlats för angina. Kvinnan hade inga tidigare kända medicinska besvär. Den direkta orsaken till hennes död var lunginflammation, enligt hälsodepartementet.
– De skickades till medicinska kliniker när de visade symptom. Jag är säker på att de fick bästa möjliga behandling, säger Japans hälsominister Katsunobu Kato och framför sina kondoleanser till de anhöriga.
Myndighetspersoner smittade
Samtidigt uppger Japan att ytterligare två myndighetspersoner som har arbetat på fartyget har smittats av viruset. Sedan tidigare har tre japanska myndighetspersoner testat positivt för viruset, rapporterar Reuters.
Antalet smittade ombord har stadigt ökat sedan fartyget först isolerades i hamnen i japanska Yokohama den 3 februari.
Efter Kina, utgör Diamond Princess det största klustret av konstaterade fall. Under onsdagen kunde dock över 400 personer lämna fartyget efter att de testat negativt för viruset och inte uppvisat några symptom under 14 dagars karantän. Fler personer planeras kunna lämna fartyget de kommande dagarna.
Smittade personer har sedan tidigare förts till sjukhus.
Fler dödsfall
I Sydkorea har antalet infekterade nästan fördubblats och en person med smittan har dött. Det är landets första dödsfall på grund av coronaviruet.
Borgmästaren i Daegu, landets fjärde största stad med över 2,5 miljoner invånare, manar folk att stanna inomhus.
Under onsdagen meddelade Irans hälsodepartement att två iranska medborgare har dött efter att de bekräftats vara smittade av viruset, skriver BBC. Enligt talespersonen Kianush Jahanpour ska personerna ha dött på grund av hög ålder och dåligt immunförsvar.
Samtidigt ska personerna dock inte ha rest utanför Iran, eller ens lämnat provinsen Qom, innan de blev smittade, uppger den statliga nyhetsbyrån Irna. Byrån uppger också att skolor och universitet i Qom kommer att hållas stängda under torsdagen som en försiktighetsåtgärd.
Detta är de två första dödsfallen till följd av coronaviruset som bekräftats i Mellanöstern.