Abu Muhsin al-Masri dödades i en operation i Ghazni-provinsen, skriver NDS på Twitter.
al-Masri har påståtts vara terrorgruppens andreman och står på amerikanska FBI:s lista över de mest eftersökta terroristerna i världen.
Han stod åtalad i sin frånvaro i USA för stöd till terrorism och konspiration i syfte att döda amerikanska medborgare, skriver Reuters.