Sverige inledde bra och vann den första perioden med 24-17. Speciellt Tobias Borg imponerade med fyra trepoängare.
Men topplaget Slovenien kom ikapp framför hemmapubliken och det var länge bara några få poäng som skiljde lagen åt.
I den tredje perioden svallade känslorna över och lagen hamnade i bråk i samband med en timeout.
Med åtta minuter kvar att spela av matchen gick Sverige upp i en knapp ledning, men det räckte inte. Matchen slutade 94-89.
– Jag tycker vi gjorde ett hyfsat bra jobb som ett lag. Jag är stolt över hur vi höll ihop tillsammans genom hela matchen, säger Borg till förbundets hemsida.
Planens gigant var Klemen Prepelic som stod för hela 30 poäng. Poängbäst i Sverige var Ludvig Håkanson med 21.
Sverige har alltså inlett VM-kvalet med en seger mot Finland och en förlust mot Slovenien. Nästa matcher är i februari då man möter Kroaten två gånger.