Colombianen hade, i likhet med flera av cyklisterna i toppskiktet, en tung etapp i Italien. Han följde upp torsdagens tionde plats med att gå i mål på 16:e plats i Piancavallo, mer än åtta minuter efter etappvinnaren.
Han gjorde ändå det tillräckligt bra i etappen för att ta över ledningen i sammandraget från holländaren Tom Dumoulin. Holländaren var under stora delar av loppet långt bak i klungan och hade svårt att avancera i fältet. Han är numera 38 sekunder bakom Quintana i sammandraget, men har all chans att ta tillbaka ledartröjan i nästa etapp.
Spanjor vann etappen
Det var däremot spanjoren Mikel Landa som vann etappen på 4.53.00, drygt två minuter före portugisiske tvåan Rui Costa och franske trean Pierre Rolland. Spanjoren är trots det långt ifrån ledningen i Giro d'Italia.
Nu återstår det endast två etapper i tävlingen, som avgörs på söndag i Milano.