Efter 0-0 nere i Sarajevo gick AIK framåt för att säkra en vidare plats i kvalspelet till Europa League.
Stockholmarna ägde bollen under första halvlek men hade svårt att skapa klara målchanser. Zejleznicar lade sig på försvar och satsade på kontringar.
I den 28:e minuten kom första riktiga läget för AIK. Henok Goitom lyfte bollen snyggt i djupled där Eero Markkanden kom fri till höger – men avslutet gick strax utanför.
Ledning efter paus
Efter halvtidspaus kom så det hett efterlängtade målet. I den 48:e minuten nådde lagkapten Nils-Eric Johansson högst på Kristoffer Olssons fina frispark och kunde placera in 1-0.
Det tände AIK som fortsatte rada upp fina chanser. Kristoffer Olsson var nära med ett skott, och Nils-Eric Johansson försökte med en ny farlig nick som Zejleznicars målvakt fick sträcka sig efter.
Zejleznicars försökte gå framåt men hade förtvivlat svårt att skapa något mot ett kompakt AIK.
I den 85:e minuten satte Henok Goitom spiken i kistan. Kristoffer Olsson med frisparken återigen, bollen gick fram till Nils-Eric Johansson som spelade vidare till Gotiom som läckert kunde klacka bollen i mål.
I och med segern är AIK vidare till den tredje kval-rundan där man ställs mot portugisiska Braga.