– Vi sätter oss i den här situationen själva. Vi spelar bra i första halvlek men sen ger vi motståndarna möjligheten att växa in i matchen och tillslut göra ett mål, säger en besviken José Mourinho efter matchen.
Zlatan som precis som i lördags fick spela i drygt en kvart gjorde sitt bästa för att få igång ett haltande United. Svensken hann med ett par lovande kombinationer med anfallspartern Romelu Lukaku men utan vidare resultat.
I stället var det Basel som minut för minut åt sig in i matchen. United tappade sitt initiativ från första halvlek och återfick det inte nämnvärt trots att Ibrahimovic kom in och satte sin prägel på matchbilden.
I den 89:e minuten dök Michael Lang upp bakom ryggen på Daley Blind och mötte ett överlångt inspel med bredsidan och förlöste hemmaklacken i ett sprängande jubel.
Minuten efter matchen enda mål mötte Zlatan ett inlägg med pannan men lyckades inte få ner bollen under ribban.
Lindelöf bänkad igen
Victor Nilsson Lindelöf blev kvar på bänken hela matchen när Marcos Rojo var tillbaka från start i backlinjen. Rojo som långtidskadades i samma match som Ibrahimovic kunde ha orsakat en straff i första halvlek men gjorde annars en klart godkänd återkomst.
För Basels del, där Alexander Fransson byttes in med tio minuter kvar, betyder segern att man är på god väg att sno den andra slutspelsplatsen bakom United från CSKA Moskva.
Pontus Wernbloom avstängd som forward
Ryssarna avfärdade tidigare under kvällen gruppens slagpåse Benfica med 2-0. Pontus Wernbloom spelade 90 minuter i en högt uppskjuten roll men noterades inte för mer än ett gult kort. Det innebär att han missar avslutningen mot Manchester United.
Atlético Madrid tog sista chansen
Antoine Griezmann och Kevin Gameiro såg med varsitt mål till att hoppet om slutspel lever för mer än en Madridklubb. Roma som åkte på 0-2-förlusten behåller dock fortfarande andraplatsen i gruppen. Chelsea såg till att säkra slutspelplatsen i den gruppen när man enkelt vann mot Qarabag med 4-0.
Barcelona gör Londonlaget sällskap till åttondelsfinalerna efter att ha fått med sig 0-0 i Turin.
Mot ett Juventus med Gianluigi Buffon tillbaka efter att ha vilat sig tillbaka från playoffet mot Sverige.