Bayern München tog ledningen genom Coman efter 22 minuters spel. Celtic kom tillbaka i andra halvlek och kvitteringen kom i den 74:e minuten genom Callum McGregor.
Men glädjen över ett steg närmare säkrat spel i Europa League varade inte länge. Tre minuter senare nickade Javi Martinez in sitt första Champions League-mål till 2–1, samtidigt som han skallade ihop med en motståndare och blödde ymnigt.
München är nu klart för avancemang då Celtic inte kan gå förbi. Skottarna har fortsatt chansen att säkra spel i Europa League i de två återstående gruppmatcherna.
Svenske landslagsmannen Mikael Lustig, som är avstängd i det första playoff-mötet med Italien, spelade hela matchen på Celtic Park.