Den homofobiska ramsan sjöngs under Mexikos Confederations Cup-premiär mot Portugal.
Anin Yeboah, ordförande för Fifas disciplinära kommitté, beslöt att ge det mexikanska förbundet en varning för det dåliga uppförandet hos en lite grupp av mexikanska fans.
Mexiko har fått sanktioner av Fifa av samma anledning hela åtta gånger under det pågående VM-kvalet.
Den mexikanska förbundskaptenen Juan Carlos Osorio försvarar supportrarna.
– Jag förstör varför publiken sjunger och jag tycker inte att den internationella tolkningen är rätt. Jag hoppas att det mexikanska förbundet berättar för Fifa att det inte betyder det folk tror, säger han.
Innan matchen hade Fifa sagt att de skulle kolla extra noga efter incidenter på läktarna.