Johan Larsson är lagkapten i Bröndby och spelade 90 minuter, Simon Tibbling byttes ut med tio minuter kvar av ordinarie matchtid.
De båda svenskarna fick därefter lyfta bucklan efter att Bröndby slagit Silkesborg med 3-1 inför 31 000 åskådare.
Davit Skhirtladze gav Bröndby ledningen, Benjamin Röcker kvitterade och sedan klev Kalmil Wilzcek in i handlingen.
Den polske anfallaren nickade in 2-1 och satte trean på tilläggstid. Därmed hade Bröndby bärgat sin sjunde cuptitel.