I den 81:a minuten nickade Victor Osimhen in sitt femte mål för säsongen.
Därmed är Napoli fortsatt hundraprocentigt med 24 inspelade poäng på åtta matcher.
Napolitränaren Luciano Spallettis lag återtog serieledningen i Serie A, två poäng före Milan där Zlatan Ibrahimovic gjorde comeback i går kväll i 3–2-segern över Verona.
Juventus vann prestigemötet med Roma med 1-0 efter ett tidigt mål av Moise Kean på nick i 16:e minuten. Roma hade mer bollinnehav och fler avslut men fick aldrig in bollen, inte ens på straff. Jordan Veretout missade från 11 meter i 44:e minuten. Den svenske landslagsanfallaren Dejan Kulusevski byttes in i 71:a minuten och gjorde ett piggt inhopp.