Saudiarabien höll i bollen stora delar av matchen, men hade problem i avslutsningsfasen.
Egypten kontrade och skapade flera farliga chanser, men det var bara storstjärnan Mohamed Salahs chipp i 22:a minuten som gick i mål.
Saudierna passade fel Egypten fick chans att spela fram till Salah. Målskytten firade inte, men El-Hadary skrek ut sin glädje.
Orsaken till det uteblivna firandet kan vara att matchen är betydelselös, men det kan också ha att göra med det politiska spel han blivit inblandad i sedan han var med på bild med Tjetjeniens ledare Ramzan Kadyrov. Det har de senaste dagarna ryktats om att Salah överväger att sluta i landslaget för att han inte vill vara en politisk spelbricka.
Stjärnan har nu gjort mål i sina fem senaste landskamper och bara några minuter senare fick han ett nytt jätteläge, men den gången missade Liverpoolspelaren.
El-Hadary räddade alltså en straff strax innan hans Egypten åkte på en till. Då rev Ali Gabr lite i Fahad Al-Muwallad som föll. Domaren använde sig av videogranskning och dömde sedan straff och gav Gabr gult kort.
Salman Al-Faraj gjorde inget misstag från straffpunkten.
Med dryga 20 minuter kvar att spela var saudierna nära att ta ledningen, men El-Hadary räddade nicken snyggt. Alldeles i slutet var det Egyptens tur att få ett drömläge, men inhopparen Mahmoud Kahraba sköt rakt på Yasser Al-Moisalem i det saudiska målet.
Avgörandet lät istället vänta på sig ända till matchens sista spark då Salem Al-Dossari satte in 2-1 vid stolproten. Därmed lämnar Salahs Egypten VM med noll poäng och landet har fortfarande inte vunnit en enda VM-match.
I gruppens andra match slog Uruguay värdnationen Ryssland i en rak gruppfinal.
