Loppet hårdbevakades av krypskyttar och tungt beväpnad polis dagarna efter terrordådet där åtta personer dödades.
I dag satt hon med i tv-showen Good Morning America:
– Jag är fortfarande hög på adrenalin och sov inget i natt, säger Flanagan leende. Under gårdagen rördes hon till tårar av vinsten och att en barndomsdröm gick i uppfyllelse.
– Med tanke på vad som hände ville jag ge amerikanerna något att glädjas åt, ge New York-borna ett leende.
Förhandsfavoriten besegrades
Flanagan var minuten före förhandsfavoriten Mary Keitany, som många trodde skulle ta sin fjärde raka seger i loppet. Kenyanskan fick under lördagskvällen höra talas om något som påverkade henne negativt men ville inte utveckla vad det handlade om.
– Det är så livet kan vara och jag kunde inte göra det jag ville, säger Keitany till New York Times.
Geoffrey Kamworor, som har två VM-titlar i terränglöpning, vann herrklassen efter att ha spurtat ifrån Wilson Kipsang på slutet.
– Det var fantastiskt för mig att få vinna en stor maraton, säger Kamworor efter sin femte genomförda mara till Reuters.