Den svenska golfstjärnan såg länge ut att få vara med när PGA-tourens slutspel avgörs i Atlanta nästa vecka.
Men så skickade Stenson utslaget i vattnet på 15:e, ett kort par 4-hål som han lite senare lämnade med en dubbelbogey i scorekortet. Den dyrbara missen under söndagens avslutande runda innebar att Stenson rasade på den totala slutspelsrankningen, där han hamnade strax utanför de 30 bästa som får spela tourfinalen.
I själva tävlingen på Conway Farms utanför Chicago slutade Henrik Stenson delad 51:a, på totalt fyra under par och långt bakom tätstriden.
Marc Leishman kopplade greppet redan i torsdags med en 62-runda. Australiern ledde sedan efter varje dag och kunde relativt bekvämt säkra segern under sista rundan. Leishman slutade 23 under par och var fem slag före Justin Rose och Rickie Fowler.
I finaltävlingen på East Lake har samtliga 30 spelare en teoretisk chans att ta hem segern i Fedex Cup, som ger en bonus på motsvarande 80 miljoner kronor. De fem första – i tur och ordning Jordan Spieth, Justin Thomas, Dustin Johnson, Marc Leishman och Jon Rahm – har allt i egna händer och är garanterade totalsegern om de vinner tävlingen.