Nordén som på grund av en svår magsjuka avbröt VM-serien i Australien i förra månaden, miste poäng som hade varit avgörande i hennes jakt på en OS-plats.
I dag skulle hon ta upp den fajten i en världscuptävling i Cagliari, men blev tvungen att bryta.
”Kramp i vaden på andra varvet på löpningen – inga risker tas inför Yokohama nästa helg, så avbröt”, skriver hon på sin Twitter-sida.
Nästa helg har Nordén en sista chans att plocka poängen som krävs för att kvala in till OS i Rio.
Svenskan blev silvermedaljör i London-OS 2012.