Även Kristina Geers, Saabs tidigare chefsjurist, är anhållen, vilket avslöjades i går.
Den tredje anhållne är tidigare finanschefen Karl Lindström, som jobbade på Saab från mars 2010 till januari 2011.
När han tillträdde var uppdraget att han skulle skapa ordning och reda, hitta en efterträdare och sedan lämna företaget efter tolv till arton månader.
Enligt chefsåklagare Olof Sahlgren i Göteborg har de tre tidigare Saab-cheferna vidtagit åtgärder i bokföringen för att dölja olika saker för Skatteverket 2010-2011.
De tre personerna hämtades in till förhör under måndagsförmiddagen, två i Göteborg och en i Lund. Alla tre anhölls efter förhören.
Lämnade sjunkande skepp
Jan-Åke Jonsson har ägnat större delen av sin karriär på Saab. Totalt blev det 38 år på företaget.
2005 blev han Saabs vd och höll i rodret under den turbulenta tid när General Motors var i djup kris och beslutade att lägga ner den svenska biltillverkaren i december 2009.
När Spyker Cars fick köpa Saab i början av 2010, trots att GM börjat nedläggningen, hyllades han ihop med den nya parhästen tillika ägaren och styrelselseordföranden Victor Muller.
Men återstarten blev tuffare än de trodde. Försäljningen kom inte igång som planerat. Bolaget blödde ekonomiskt.
I mitten av mars 2011 medgav Jan Åke Jonsson på ett styrelsemöte att bolaget var i en kritisk situation. Utåt höll han skenet uppe.
Bara ett par veckor senare meddelade han sin avgång där han hänvisade till personliga skäl. Victor Muller tog då över som vd.
Har fått försvarsadvokater
Nu sitter alltså både Jan-Åke Jonsson, Karl Lindström och Kristina Geers anhållna. Samtliga har fått försvarsadvokater.
Karl Lindström nekar till anklagelserna som för hans del handlar om medhjälp till grovt försvårande av skattekontroll.
– Han förnekar brottslig gärning, i övrigt vill jag inte ge några kommentarer just nu, säger hans advokat Bo Ahlenius, på advokatfirman Glimstedt i Lund, till P4 Väst.
Helena Wising på Advokaterna Bernling, Boberg, Ceder i Vänersborg fick uppdraget att försvara Jonsson.
– Den uppgift jag har fått är att han gick med på att ha det inledande förhöret utan försvarare i går, säger hon.
Hon har ännu inte varit i kontakt med Jan-Åke Jonsson.
– Jag ska sätta mig i bilen nu och köra till Göteborg där jag ska träffa honom för att få höra hans version. Efter det ska det hållas ett nytt förhör med honom, säger hon.
Sitter i arresten i Mölndal
Jan Åke Jonsson sitter liksom Kristina Geers i arresten på Aminogatan, Mölndal
Kristina Geers greps på måndagsförmiddagen när hon var på ett jobb i Uddevalla.
– Jag tycker de ska släppa henne på fri fot omedelbart, hon har inte gjort någonting. Det finns inget som motiverar misstanken eller att hon ska sitta anhållen, säger försvarsadvokat Bengt-Erik Sik.
Sik är starkt kritisk till gripandet av Kristina Geers.
– Det finns inte grund för att behandla folk på detta sättet för saker som hände flera år tillbaka i tiden.