Polisen fann flickan i södra Sverige på lördagskvällen.
Personerna som greps i samband med att flickan hittades är i 30-årsåldern och förhördes natten till söndag.
– Efter detta frigavs de. Båda två förnekar till brott men misstankarna om egenmäktighet med barn kvarstår, säger Christer Nordström.
Föräldrar häktade
Flickans föräldrar häktades tidigare på lördagen av Uppsala tingsrätt på sannolika skäl misstänkta för egenmäktighet med barn.
På lördagskvällen fördes flickan tillbaka till sitt familjehem i Uppsala.