Polisen larmades till huset vid tvåtiden.
– Vi vet i nuläget inte vad som hänt. Platsen är avspärrad för teknisk undersökning, säger Jenny Widén, presstalesman på polisen i Västra Götaland.
Den avlidne mannen uppges inte vara identifierad, men polisen trodde i natt att det var en man i 40-årsåldern.
Greps vid huset
43-åringen greps vid huset där den döde fanns. Polisen höll ett kort förhör med mannen, och på morgonen anhölls han av jouråklagaren. Han är misstänkt på sannolika skäl, vilket är den starkare graden av misstanke.
Det finns ingen uppgift om vem som slagit larm till SOS. Enligt Skövdepolisen fanns inga andra personer i huset när patrullen kom dit.
Den avlidne mannen ska obduceras. Polisen vill inte säga något om vilken typ av skador han fått.