GMO-produkter granskas på EU-nivå av experter på unionens myndighet för livsmedelssäkerhet, Efsa, och experterna hade gett klartecken för produkterna som medlemsländerna skulle rösta om.
Både socialdemokratiska och borgerliga regeringar har tidigare alltid följt Efsas rekommendationerna när medlemsländerna sedan har röstat.
I den nya S-MP-regeringens första GMO-omröstning, som handlade om raps- och bomullsprodukter, lades dock Sveriges röst ner. Det rapporterar Ekot.
– Min instruktion var att jag skulle lägga ner rösten, utan att ge en röstförklaring, säger Zofia Kurowska på Livsmedelsverket, Sveriges representant vid omröstningen, till Ekot.
De ansvariga ministrarna, miljöminister Åsa Romson (MP) och landsbygnadsminister Sven-Erik Bucht (S), har inte velat kommentera agerandet. Det nyblivna regeringspartiet Miljöpartiet har en skeptisk inställning till GMO.