Rättegången har kallats banbrytande eftersom den var den första i Egypten om kvinnlig könsstympning sedan lagen förbjöd ingreppet 2008.
– Det är en stor, stor besvikelse, säger advokaten Atef Abu el-Enein till SVT.
Han hade hoppats att rättegången skulle sända ett budskap till landets läkare att upphöra med den dödliga traditionen.
Frias i brist på bevis
Trots att obduktionsprotokollet slår fast att Sohair al-Bataa könsstympats, och föräldrarna vittnat om att de tagit flickan till läkaren för att omskära henne frias läkaren i brist på bevis.
Pappan och läkaren har senare tagit tillbaka påståendet om att syftet med läkarbesöket skulle ha varit könsstympning. I stället hävdar båda männen nu att läkaren skulle ta bort vårtor från flickans underliv.
Grannar: Läkaren har omskurit andra
Grannarna i Sohair al-Bataas hemby berättar att de tagit sina döttrar till samme läkare för omskärelse.
– Min dotter blev omskuren i femte klass, och det gick bra. Hon var hos samma läkare, säger Hend Mostafa.
– Hon älskade livet som vilken flicka som helst. Och hon var helt frisk, säger Sohair al-Bataas kompis Aya Ahmed.
Egypten har en av världens högsta förekomster av kvinnlig könsstympning. En undersökning gjord av Unicef visar att 91 procent av alla gifta kvinnor under 50 år är omskurna. Forskning visar att stödet för traditionen idag minskar.