Hans medkandidat, William Ruto, som vill bli vicepresident pendlar också mellan Kenya och den Internationella Brottsmålsdomstolen i Haag för att stå till svars för liknande brott.
De förklarar båda att de är oskyldiga. Men oroligheterna som ägde rum efter presidentvalet 2007 kastar sin skugga över detta president- och parlamentsval.
Rädsla för isolering
Om Kenyatta – vice premiärminister och son till Kenyas grundare, den legendariske Jomo Kenyatta – skulle vinna finns risken att landet isoleras och att Kenya förlorar mångmiljonbelopp i biståndspengar. Själv räknas han som Kenyas rikaste man.
Det finns en rädsla att de etniska strider som dödade över 1.000 människor ska blossa upp på nytt. Kenya har haft en tradition av att politik övergår till etniskt våld. Kenya med cirka 40 miljoner invånare har mer än 40 etniska grupper. Och i Kenya röstar man ofta efter etnisk tillhörighet.
Människorättsorganisationen Human Rights Watch säger att risken är stor att våldet från 2008 kan upprepas.
En Kenyatta-seger kan bli en svår nöt att knäcka för det internationella samfundet så länge han inte är friad från anklagelserna.
Det pågår just nu etniska strider mellan två folkgrupper i en avlägsen del av Kenya. Striderna Mellan Pokomo och Orma har hittills krävt 200 dödsoffer.
Den här gången representerar paret Kenyatta-Ruto cirka 34 procent av befolkningen. De båda representerar den folkrikaste gruppen, kikuyu (22 procent av befolkningen), samt en av de största, kalenjin (12 procent).
Klimat av samförstånd
Det finns också faktorer som visar på att detta val skulle kunna gå bra. En rad instanser – medier, människorättsorganisationer, myndigheter – har försökt skapa ett klimat av samförstånd.
Kenya är ett av Afrikas mest utvecklade länder – samtidigt ett av de mest korrumperade.
Kenyas ekonomi är god – men det förhindrade inte våldet 2007. Landet har verkar nu hämtat sig efter blodbadet och det finns en medelklass som kan innebära politisk stabilitet. Men någon verklig försoning har inte ägt rum.
Det som möjligen inger hopp är den nya författning som infördes 2010. Den godkändes av 67 procent av befolkningen.
Det kan ses som ett positivt tecken att en sådan omröstning kunde genomföras fredligt efter våldet ett par år tidigare. Särskilt som en torkperiod 2009 hade orsakat nya etniska spänningar.
Jämna siffror
I valet 2007 var det enligt internationella observatörer uppenbart valfusk som gav den sittande presidenten Mwai Kibaki segern. Hans utmanare var den rike affärsmannen Raila Odinga.
Det är Odinga som i årets val främst utmanar Uhuru Kenyatta. Odinga och Kenyatta ligger mycket jämnt i opinionsmätningarna. Odinga kommer från folkgruppen Luo som omfattar cirka 13 procent av befolkningen.
Det utlöste alltså ett blodigt våld, men de båda stridande parterna enades till sist om en kompromiss som fortfarande håller: Kibaki blev president och Odinga premiärminister.
Om valet resulterar i våld kan det negativt påverka hela regionen, både politiskt och ekonomiskt.
Ett lyckat val i Kenya skulle betyda ännu ett bevis på att Afrika håller på att utvecklas positivt.