Enligt militären flydde flera hundra anhängare till terrorgruppen i olika riktningar både till fots och med fordon. En person som ska ha försett Boko Haram med mat och förnödenheter ska också ha gripits.
Just nu pågår en offensiv mot Boko Haram och i fredags befriades runt 275 kvinnor och barn som hållits fångna i ett läger i Sambisa-skogen.
Skulle användas som mänskliga sköldar
Flera av de befriade vittnar om grym behandling och fruktansvärda övergrepp.
– Vi mödrar var så hungriga att vi inte kunde producera bröstmjölk, så barnen var också hungriga, säger Pana Bukar.
En annan berättar att Boko Haram försökt använda fångarna som mänskliga sköldar.
– När flygplanen åkte förbi hörde vi skott. Boko Haram stridande sa att vi skulle ställa oss framför dem, men vi vägrade. Sen började vi höra skott omkring oss och de flydde och lämnade oss ensamma, säger Asama Umoru.
Amnesty: Över 2.000 kidnappade
Enligt militären ska nästan 700 Boko Haram-fångar ha befriats sedan i tisdags, men det är oklart om några av dem tillhör de 200 flickor som kidnappades från en skola för ett år sen.
Enligt Amnesty ska över 2.000 kvinnor och flickor kidnappats sedan början av 2014. Många har använts som kockar, sexslavar och mänskliga sköldar.