Organisationen refererar också till rapporter om att minst 17 personer har avrättats av regeringstrogna styrkor nordost om al-Fallujah.
Iraks premiärminister Haider al-Abadis stab har i ett uttalande nyligen meddelat att alla misstänkta övergrepp ska utredas.
Drygt 2 100 personer som lämnat al-Fallujah hålls i förvar misstänkta för samröre med IS, medan drygt 11 600 har släppts. Ytterligare 7 000 personer undergår fortfarande säkerhetskontroller, enligt den irakiska armén.