Faran förstärks av att kriserna kan utlösas oavsiktligt, skriver Japan i rapporten benämnd Vita papperet.
Speciellt Kinas allmänna krav på områden i Sydkinesiska sjön, där landet byggt flera artificiella öar som kan användas för militära insatser, väcker oro.
Regionens stormakt ”fortsätter att agera på ett bestämt sätt” och dess handlande ”inkluderar farliga handlingar som kan orsaka oavsiktliga konsekvenser”, varnar Japan.
Peking är pressat att respektera utlåtandet från en FN-stödd tribunal som hävdar att landet inte har något juridiskt stöd för sina territoriella anspråk i Sydkinesiska sjön. Även Filippinerna, Vietnam, Malaysia och andra länder hävdar sin rätt till det resursrika området.