Ön är en av Paracelöarna, som har varit under kinesisk kontroll i över 40 år. Även Taiwan och Vietnam gör anspråk på ön.
– De berörda parterna bör samarbeta för att säkerställa fred och stabilitet i Sydkinesiska havet och avstå från att vidta ensidiga beslut som kommer att skapa ytterligare spänningar, säger David Lo, talesperson för det taiwanesiska försvarsdepartementet.
Satellitbilder från byrån Imagesat International visar två batterier med åtta robotar vardera och ett radarsystem.
Nyheten om utplaceringen kom samtidigt som ledare för länderna i Sydostasien och USA:s president Barack Obama avslutade sitt möte i Kalifornien, där de diskuterat hur de ska hitta en lösning på de spänningar som råder i området.