Minst fyra personer har dött och president Barack Obama har utfärdat katastroftillstånd i South Carolina.
Det häftiga skyfallet har fått vägar att svämma över och på flera orter uppmanas människor att inte ge sig ut i det knähöga vattenståndet. I kustområdet Brunswick County i North Carolina har 500 människor evakuerats, uppger delstatens guvernör.
Mer regn att vänta
Ovädret sträcker sig från delstaten Delaware i norr till Georgia i söder. Det kommer från två olika vädersystem, dels i framstötar från orkanen Joaquin i nordöst och dels från ett lågtryck i sydöst.
– I områden där vi är vana vid översvämningar i några timmar får vi nog förbereda oss på att det kan hålla i sig i flera dagar, säger polischefen i Charleston Greg Mullen.
Den nationella vädertjänsten varnar för att det kan falla upp till 300 millimeter regn i vissa områden och nederbörden väntas hålla i sig hela helgen.