En rebelledare ska också ha gripits och flera läger rensats upp runt staden Bama, omkring sju mil sydöst om delstatens huvudstad Maiduguri.
Samtidigt kommer vittnesuppgifter om att Boko Haram ska ha dödat 13 personer och sårat 27 vid en attack mot byn Malari i Borno.
Hundratals personer ska ha fritagits från Boko Haram det senaste året, men ingen av de 219 skolflickor som kidnappades ifrån sin skola i april 2014 har kunnat räddas.