Militären ska först ha upptäckt misstänkta rörelser i området, enligt en källa. En eldstrid utbröt med männen, som enligt vissa uppgifter ska ha kommit i båt, och två av dem dödades medan en tredje ännu eftersöks i området.
Enligt AFP har fyra palestinier dödats i attacken.
En israelisk soldat ska ha skadats lätt i eldväxlingen.