Elden bröt ut vid fem-tiden japansk tid (klockan 9.00 svensk tid) och ett 30-tal brandbilar skickades till platsen, enligt Reuters.
Bekämpningsarbetet försvårades av områdets smala gränder och täta bebyggelse. Det var den yttre delen av marknaden som drabbades av elden, som spred sig till flera hus och täckte ett 200 kvadratmeter stort område.
Inga skadade
Det finns inga rapporter om skadade eller att människor skulle vara instängda enligt Reuters. Vad som orsakade branden är oklart.
Tsukiji-marknaden besöks varje år av tiotusentals turister och den är också känd för sin årliga auktion av blåfenad tonfisk.
LÄS MER: Priset för 212 kg tonfisk: 5,6 miljoner
Ska flyttas
I juni meddelade Tokyos borgmästare att Tsukiji-marknaden ska flyttas till en konstgjord ö, något som planerats länge men skjutits upp flera gånger.
Många av försäljarna har oroat sig för giftiga föroreningar och höga halter av kvicksilver i marken på den nya platsen. Japanska myndigeter ska ha lagt 86 miljarder yen (6,6 miljarder kronor) på sanering av marken, enligt VT.
Flytten görs för att ge plats åt en väg inför OS i Tokyo 2020. Men Tokyos borgmästare har också sagt att marknaden är för gammal och måste byggas om på grund av jordbävningsrisken.