Det är första gången som den stam av viruset som drabbat Syd- och Mellanamerika i stor omfattning även hittas i Afrika.
– Detta är bekymmersamt för det är ytterligare ett bevis för att utbrottet har spridits utanför Sydamerika och är på gång in i Afrika, säger WHO:s Afrikaansvarige Matshidiso Moeti.
WHO råder nu berörda afrikanska länder att upplysa gravida kvinnor om riskerna med viruset, men förordar än så länge inte några reserestriktioner för Afrika.
Gula feber-myggan (Aedes aegypti) som sprider viruset kommer ursprungligen från Afrika, men är i dag mycket vanlig i alla tropiska länder.